La loi prévoit que le commissaire est nommé sur proposition de l'organe de gestion et, le cas échéant, sur présentation du conseil d'entreprise délibérant à l'initiative. L’assemblée générale nomme le commissaire parmi les réviseurs d'entreprises, inscrits au registre public de l'Institut des Réviseurs d'Entreprises ou les cabinets d'audit enregistrés, pour la mission de contrôle légal des comptes annuels et, le cas échéant, des comptes consolidés et détermine par ailleurs sa rémunération. Le montant des honoraires doit être fixé de manière telle qu’il assure la possibilité d’exercer un contrôle conforme aux normes de l’Institut. Lorsque la société est tenue de constituer un comité d'audit en vertu de la loi, la proposition de l'organe de gestion est émise sur recommandation motivée du comité d'audit. Cette dernière est elle-même transmise au conseil d'entreprise pour information.
Le commissaire est toujours nommé pour un terme de trois ans renouvelable. Depuis la loi de 2016, en cas de contrôle légal d’une entité d’intérêt public, le commissaire ne peut exercer plus de trois mandats consécutifs auprès de cette même entité, soit couvrir une durée maximale de neuf ans. La même procédure est appliquée pour le renouvellement du mandat de commissaire. Pendant cette période, il ne peut être révoqué par l’organe qui l’a désigné, à savoir l’assemblée générale, que pour juste motif (par exemple le non-respect d’une de ses obligations fondamentales). Le commissaire peut également démissionner, soit avec effet immédiat et sans obligation de faire rapport à l’assemblée générale, s’il invoque des motifs personnels graves (par exemple une incapacité physique), soit lors de l’assemblée générale suivante et après avoir informé celle-ci par écrit des raisons de sa démission, s’il invoque des motifs autres que personnels et graves (par exemple une entrave dans l’exercice de sa mission).
En cas de contrôle légal d’une entité d’intérêt public, un recours visant à révoquer le commissaire peut, s’il existe des motifs valables pour ce faire, être introduit devant le tribunal de commerce.